以前大家认为冻干箱的真空度越高越好，现在认为冻干箱的真空度应根据不同的产品来决定，真空度太高或太低均对冻干不利，因此现代冻干机均带有真空度调节装置。
目前常用的调节方法有三种。
一种是从外界引入不凝性气体到冻干箱内的方法，也叫漏气法或掺气法；在冻干箱的
放气管路上安装一个微调漏气阀，再串联一个由真空仪表控制的电磁阀；当需要进行真空调节时使电磁阀工作，并在真空仪表上设定真空度的控制范围。当冻干箱的真空度达到设定值的下限（压力低的数值或真空高的数值）时，真空仪表便接通电磁阀的电源，无菌空气或氮气通过微调漏气阀和电磁阀进入冻干箱，漏入的气体量应通过微调阀进行调节。若调节太大，会使漏入气体太多，使冻干箱的压力升得太多，甚至会发生真空报警；若调节太小，则漏入气体太少，压力不上升或上升太慢。合适的漏气量应在电磁阀打开时调节，能见到压力缓慢上升，在到达设定上限（压力大的数值或真空低的数值）时，电磁阀关闭，气体停止进入冻干箱。由于真空泵的抽吸作用，冻干箱的真空再次提高，电磁阀又打开，这样便使冻干箱的真空控制在仪表设定的数值范围之内。漏气法也可使用流流量调节阀控制，这种方法仅需要一个阀门；对这个阀门进行控制可使真空控制在设定的数值上，而不是某一范围；这种阀可开大，亦可全部关闭。
另一种是控制抽空阀的方法。该法用真空仪表控制真空泵和冷阱之间的抽空阀的开闭，当冻干箱的真空度到达设定值的下*，抽空阀关闭，由于真空泵停上对冷阱和冻干箱的抽空，冻干箱的压力逐步上升；当上升到设定值的上*，抽空阀打开，真空泵恢复对冷阱和冻干箱的抽空，冻干箱压力又下降，抽空阀又关闭，使冻干箱真空度控制在真空仪表设定数值的范围之内。对于真空漏率很小的冻干机，此法在冻干后期将出现控制不准的现象，即在关闭抽空阀后，冻干箱的压力不仅不上升，而且会下降。
第三种方法是用真空仪表控制安装在主阀旁的调节阀方法。当冻干箱的真空度到达设定值的下*，真空仪表关小主阀，于是冻干箱的压力上升，上升到设定值的上*，主阀又开大，使冻干箱的真空控制在仪表的设定数值的范围之内。
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