染色主要好处有：
提供菌体及其周围环境的对照比较，而表现出不同构形。
可研究菌体内部构造，如细胞壁、液泡或核质部份。
可使用较大的放大效果。
要瞭解染剂如何对菌体细胞作用而呈色之前，先要知道什么是染剂。通常它具有一苯环（benzene ring）、一呈色基（chromophore）与促色基（autochrome）之有机化合物，是一种盐类，由阴、阳电荷组成，其离子之一具有颜色，例如methylene blue chloride（mbc）：mbc→mthylene blue chloride- ， 此染剂之颜色由带正电之mthylene blue 所呈现。
染剂可分为三种-酸性、碱性及中性染剂。如呈色剂为带阳电荷之染剂，称为“碱性染剂”，如甲基蓝；反之，为带阴电荷者，称之为“酸性染剂”；不带电荷者，即为中性染剂。
菌体细胞在酸碱值为中性的环境时稍具阴电性，因此带阴电荷之细胞与带正电荷之甲基蓝 结合而使细胞呈色。
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